แต่เดิมมา การเรือนจำทั้งหลายในประเทศไทยได้แยกย้ายกันสังกัดอยู่ในกระทรวง ทบวง กรม ต่างๆ มากมายหลายแห่ง เช่น คุก และตะรางในมณฑลกรุงเทพฯ ขึ้นอยู่ในสังกัดกระทรวงนครบาล ตะรางต่างๆ ในพระนคร สังกัดอยู่ในกระทรวง ทบวง กรมที่บังคับบัญชากิจการนั้น เช่น กรมมหาดไทย กรมพระกลาโหม กรมท่า กรมเมือง กรมวัง กรมนา กรมพระคลังมหาสมบัติ กรมพระธรรมการ กรมพระสุรัศวดี กรมแพ่ง กรมกองตระเวรซ้าย กรมกองตระเวรขวา กรมท่าซ้าย กรมพระคลังสาม กรมพระนครบาล การเรือนจำหัวเมืองชั้นนอก หัวเมืองฝ่ายเหนือขึ้นอยู่ในกระทรวงมหาดไทย หัวเมืองฝ่ายใต้ ขึ้นอยู่ในกระทรวงกลาโหม เป็นต้น

เมื่อวันที่ ๑๓ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๔๕๘ ได้มีพระบรมราชโองการในพระบาทสมเด็จพระรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราวุธมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (ร.๖) ให้รวมการคุกกองมหันตโทษ และลหุโทษ กับเรือนจำทั้งหลายที่กล่าวไว้ในพระราชบัญญัติลักษณะเรือนจำ ร.ศ. ๑๒๐ (พ.ศ. ๒๔๔๔) นั้น ขึ้นเป็นกรมหนึ่ง เรียกว่า “กรมราชทัณฑ์” มีอธิบดีผู้หนึ่งบังคับการกรมนั้น ขึ้นอยู่ในกระทรวงนครบาล ซึ่งพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงมีประกาศพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ เมื่อวันที่ ๒๑ ตุลาคม ๒๔๕๘ แต่งตั้งมหาอำมาตย์ตรีพระยาชัยวิชิตวิศิษฎ์ธรรมธาดา (ขำ ณ ป้อมเพชร์) เป็นอธิบดีกรมราชทัณฑ์คนแรก และคนสุดท้ายในระบอบสมบูรณาญาสิทธิราช เมื่อพ้นจากตำแหน่งอธิบดีกรมราชทัณฑ์แล้วได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นมหาอำมาตย์เอก

ต่อมาวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๔๖๕ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริว่า กรมราชทัณฑ์เป็นกรมที่มีหน้าที่เกี่ยวพันกับศาลยุติธรรม จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้โอนกรมราชทัณฑ์จากกระทรวงนครบาล ไปขึ้นกับกระทรวงยุติธรรมตั้งแต่นั้นมา

เมื่อวันที่๒๖ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๖๘ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาประชาธิปก พระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว (ร.๗) ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยุบเลิกกรมราชทัณฑ์ ให้กองมหันตโทษและกองลหุโทษกับเรือนจำทั้งหลายทั่วราชอาณาจักร เป็นแผนกราชทัณฑ์ สังกัดสำนักปลัด ปลัดบัญชาการ กระทรวงยุติธรรม ตั้งแต่วันที่ ๑ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๖๙ เป็นต้นไป เหตุที่ยุบกรมราชทัณฑ์ ในพระราชปรารภว่า เนื่องจากกรมราชทัณฑ์จัดวางระเบียบและข้อบังคับไว้เรียบร้อยแล้ว จึงยุบเลิกกรมราชทัณฑ์ เพื่อประหยัดรายจ่าย ทั้งนี้เป็นเพราะสมัยนั้นเศรษฐกิจของประเทศกำลังตกต่ำ การเงินปั่นป่วนมาก งบประมาณรายได้ รายจ่ายไม่ได้ดุลยภาพกัน จึงจำเป็นต้องตัดรายจ่ายเท่าที่รัฐบาลในสมัยนั้น เห็นความสำคัญน้อยลงเสีย

ปี พ.ศ. ๒๔๖๙ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาประชาธิปกเกล้าเจ้าอยู่หัว เห็นสมควรจะยกการเรือนจำไปสังกัดกระทรวงมหาดไทย เพื่อสะดวกในการบังคับบัญชาและควบคุม จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้โอนการเรือนจำจากกระทรวงยุติธรรมไปขึ้นกระทรวงมหาดไทย ส่วนเจ้าหน้าที่ฝ่ายตุลาการยังมีอำนาจไปตรวจเรือนจำได้ตามระเบียบ ราชการราชทัณฑ์ส่วนกลางในสมัยนั้น คงมีฐานะเป็นเพียงแผนกหนึ่ง เรียกว่า แผนกราชทัณฑ์ สังกัดกรมพลัมภัง(กรมมหาดไทย) ซึ่งเป็นกรมหนึ่ง ในกระทรวงมหาดไทย

เมื่อได้มีการเปลี่ยนแปลงการปกครองแผ่นดินจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราช มาเป็นการปกครองแผ่นดิน ในระบอบประชาธิปไตยในปีพุทธศักราช ๒๔๗๕ แล้ว รัฐบาลได้เล็งเห็นความสำคัญของการราชทัณฑ์ว่า  เป็นภารกิจของชาติบ้านเมืองอันสำคัญที่ควรจะได้มีการปรับปรุงในวาระเริ่มแรกอย่างหนึ่ง ซึ่งในปี พ.ศ. ๒๔๗๖ ได้ตราพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบกรมในกระทรวงมหาดไทย พุทธศักราช ๒๔๗๖ ยกฐานะแผนกราชทัณฑ์จากกรมพลัมภัง ขึ้นเป็นกรมราชทัณฑ์ในกระทรวงมหาดไทยตามเดิมอีกวาระหนึ่ง และให้นายพันเอกพระยาฤทธิ์อาคเนย์ (สละเอมะศิริ) เป็นอธิบดีกรมราชทัณฑ์ สังกัดกระทรวงมหาดไทย คนแรกในระบอบประชาธิปไตย

ปี พ.ศ. ๒๕๔๕ รัฐบาลในสมัย พ.ต.ท. ทักษิณ  ชินวัตร เป็นนายกรัฐมนตรี มีนโยบายในการปฏิรูประบบราชการได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ ๕) พ.ศ. ๒๕๔๕ และพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.๒๕๔๕ ในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพระราชกฤษฎีกา เล่ม ๑๑๙ ตอนที่ ๙๙ ก. เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม ๒๕๔๕ เป็นต้นไป มีผลทำให้กรมราชทัณฑ์ต้องย้ายสังกัดจากกระทรวงมหาดไทย ไปสังกัดกระทรวงยุติธรรมตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมราชทัณฑ์กระทรวงยุติธรรม พ.ศ. ๒๕๔๕ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๑๙ ตอนที่ ๑๐๓ ก.เล่มที่ ๒ ลงวันที่ ๙ ตุลาคม ๒๕๔๕ – ๒๖๓